Um Javaobjekte in einer relationalen Datenbank zu speichern ist der JPA-Standard weit verbreitet. Faktor-IPS bietet die Möglichkeit, entsprechende Einstellungen im Modell vorzunehmen und damit passende Annotations im Sourcecode zu generieren.

Dazu muss beim Anlegen eines Projekts im Wizard zum Hinzufügen der IPS-Nature der Haken für "Persistence-Support aktivieren" gesetzt werden. Soll dies bei einem existierenden Projekt nachträglich geschehen kann in der .ipsproject-Datei am IpsProject-Element das Attribut persistentProject auf true gesetzt werden, wonach ein Eclipse-Neustart notwendig ist.

In den Vertragsklassen-Editoren erscheint dann ein zusätzlicher Abschnitt für Persistenz-Einstellungen; ebenso gibt es einen passenden Reiter in den Dialogen zur Bearbeitung von Attributen und Beziehungen.

Im Abschnitt Persistence-Provider wird beschrieben, wie der IPS-Codegenerator für verschiedene Implementierungen angepasst werden kann. Daneben sind manche Einstellungsmöglichkeiten nur abhängig von bestimmten Provider(versionen) verfügbar.